Аэропорт основан в 1944 году, и обслуживал самолеты малой авиации, каботаж, на коротких и средних маршрутах. В основном, рейсы выполнялись в направлениях Симферополь, Краснодар, Киев, Москва, Севастополь и другие большие и малые города. Время перелета составляло от 30 минут, прогулочных полетов аэропорт не производил. Площадь территории занимаемой аэропортом 320 гектар.
Воздушный порт Керчи расположен в транспортном узле Керчи: железнодорожный вокзал отдален на 1 километр, автовокзал 4 км. от аэровокзала. От жд вокзала до аэропорта можно добраться на маршрутном такси Керчь — Багерово, №6, Керчь — Золотое.
В 90-е годы аэропорт обслуживал небольшое число рейсов, спрос на которые, снижался. Наконец, было принято решение передать аэропорт в городскую собственность. С того момента, разрушение аэропорта ускорилось.
На 2015 год в аэропорту Керчи работает только гидрометеорологическая служба. При штормовом предупреждении, взлетная полоса используется как временная стоянка для грузовых автомобилей.